Abstract in English:
This study aimed to verify the presence of members from the Enterobacteriaceae family and determine antimicrobial susceptibility profiles of the isolates in canaries bred in northeastern Brazil; in addition, the presence of diarrheagenic Escherichia coli (DEC) and avian pathogenic Escherichia coli (APEC) was also verified in these birds. Samples were collected during an exhibition organized by the Brazilian Ornithological Federation in July 2015 in Fortaleza, Brazil. A total of 88 fecal samples were collected and submitted to pre-enrichment step using buffered peptone water, followed by enrichment with the following broths: brain-heart infusion, Rappaport-Vassiliadis, and Selenite-Cystine. Subsequently, aliquots were streaked on MacConkey, brilliant green and salmonella-shigella agar plates. Colonies were selected according to morphological characteristics and submitted to biochemical identification and antimicrobial susceptibility tests with disk-diffusion technique. E. coli strains were evaluated for the presence of eight DEC genes and five APEC genes through conventional polymerase chain reaction (PCR) screening. The most frequent species observed were Pantoea agglomerans (25%), Serratia liquefaciens (12.5%), and Enterobacter aerogenes (9.1%). A single rough strain of Salmonella enterica subsp. enterica was identified in one sample (1.1%). High resistance rates to amoxicillin (78.7%) and ampicillin (75.4%) were identified. Polymyxin B (9.8%), gentamycin (6.6%), and enrofloxacin (6.6%) were the most efficient antibiotics. The total number of multidrug-resistant strains (isolates resistant to more than three antimicrobial classes) was 23 (37.7%). Four E. coli strains were tested for the virulence genes, and two were positive for APEC virulence genes: one strain was positive for iutA and the other for hlyF. In conclusion, canaries in northeastern Brazil participating in exhibitions may present Salmonella spp., Escherichia coli and other enterobacteria in the intestinal microbiota with antimicrobial resistance. These results indicate that, although the E. coli strains recovered from canaries in this study have some virulence genes, they still do not fulfill all the requirements to be considered APEC.
Abstract in Portuguese:
O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de enterobactérias e determinar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos dos isolados oriundos de canários belgas criados em cativeiro do Nordeste do Brasil, adicionalmente verificou-se a presença de Escherichia coli diarreiogênicas (DEC) e E. coli patogênica aviária (APEC) nesses animais. A colheita das amostras ocorreu durante uma exposição de canários belgas organizada pela Federação Ornitológica do Brasil (FOB), em julho de 2015, na cidade de Fortaleza, Ceará, Brasil. Um total de 88 amostras de fezes foram coletadas e submetidas a pré-enriquecimento utilizando água peptonada, caldo de enriquecimento Brain Heart Infusion, Rappaport‑Vassiliadis e Selenito-Cistina. Fez‑se triagem em placas de ágar MacConkey, Verde Brilhante e ágar Salmonella Shigella. As colônias foram selecionadas e submetidas à identificação bioquímica e susceptibilidade antimicrobiana. Estirpes de Escherichia coli foram avaliadas quanto a presença de 8 genes de virulência de DEC e cinco de APEC por reação em cadeia da polimerase convencional (PCR). As enterobactérias encontradas com maior frequência foram Pantoea agglomerans (25%), Serratia liquefaciens (12,5%) e Enterobacter aerogenes (9,1%). Uma única estirpe de Salmonella enterica subsp. enterica (rugosa) esteve presente em um dos isolados (1,1%). Altos percentuais de resistência foram encontrados para dois antibióticos: amoxicilina (78,7%) e ampicilina (75,4%). Polimixina B (9,8%), gentamicina (6,8%) e enrofloxacina (6,5%) foram os antibióticos com melhor eficiência. O total de estirpes multirresistentes (a mais de três classes de antimicrobianos) foi de 23 (37,7%). Das quatro estirpes de E. coli isoladas, duas foram positivas para os genes de APEC, sendo uma estipe para o gene iss e outra para os genes iutA e hlyF. Portanto, canários belgas criados em cativeiro no Brasil que participam de exposições podem apresentar Salmonella spp., Escherichia coli e outras enterobactérias em sua microbiota intestinal com resistência antimicrobiana. Estes resultados indicam que as estirpes de E. coli isoladas de canário belga no presente estudo apresentam alguns, mas não todos, genes de virulência para serem caracterizadas como E. coli patogênica para aves (APEC).
Abstract in English:
The present study investigated the circulation of avian metapneumovirus (aMPV) in wild birds in Brazil. To do so, 131 samples from 366 oropharyngeal or cloacal swabs collected from 18 species of birds were tested individually or in pools by RT-PCR. Samples detected by RT-PCR were selected for DNA sequencing. Thirteen (9.9%) samples were detected by the RT-PCR targeting the N gene and four out of 13 samples were sequenced. Sequencing results showed a high identity with the aMPV subtype A. Our results confirm the circulation of the aMPV subtype A in wild birds in Brazil even five years after its last detection.
Abstract in Portuguese:
O presente estudo investigou a circulação de metapneumovírus aviário em aves silvestres no Brasil. Para tanto, 131 amostras de 366 suabes orofaringeanos ou cloacais coletados de 18 espécies de aves foram testadas individualmente ou na forma de pools por RT-PCR. As amostras detectadas por RT‑PCR foram selecionadas para sequenciamento. Treze (9,9%) das amostras foram detectadas por RT-PCR tendo o gene N como alvo; destas, quatro foram sequenciadas com sucesso. Resultados do sequenciamento mostraram alta identidade com o aMPV de subtipo A. Nossos resultados confirmam a circulação de aMPV subtipo A em aves silvestres no Brasil mesmo cinco anos após sua última detecção.
Abstract in English:
The present study aimed to measure the serological response of goats infected with Neospora caninum by assessing the diagnostic performance and agreement between three techniques (indirect immunofluorescent antibody test, IFAT; Neospora agglutitation test, NAT; enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA). The panel of sera were comprised of 500 samples of goats, and 60 reference serum samples. These reference and field serum samples were tested by ELISA, NAT, and IFAT. In the field serum samples tested, the seroprevalences of anti-N. caninum antibodies were 3.2%, 4.6%, and 6.4% in the NAT, IFAT and ELISA, respectively. Using the IFAT as the gold standard, the NAT and the ELISA agreement was considered weak (k=0.28) and strong (k=0.75), respectively. When the IFAT performance was used for comparison purposes, the ELISA showed 91.3% sensitivity and 97.7%, specificity with a PPV of 65.2% and a NPV of 99.6%; The NAT presented sensitivity of 26.1% and specificity of 97.9% with a PPV of 37.5% and a NPV of 96.5%. Accordingly, the IFAT should remain the assay of choice for studies about N. caninum infection in goats in individual serum samples. A combination of serological assays with high sensitivity and specificity is recommended in serosurveys of caprine neosporosis.
Abstract in Portuguese:
Objetivou-se avaliar a resposta sorológica de caprinos infectados com Neospora caninum mediante o estudo da performance e concordância de três técnicas sorológicas (RIFI, NAT e ELISA). O painel de soros testes foi composto por 500 amostras de caprinos e ainda 60 soros classificados como de referência. Todos os soros de referência e de campo foram testados por ELISA, NAT e RIFI. Nos soros de campo, as soroprevalências de anticorpos anti-N. caninum foram de 3,2% no NAT, 4,6% na RIFI e 6,4% no ELISA. Utilizando a RIFI como técnica de referência, a concordância de NAT e ELISA foi considerada fraca (k=0,28) e substancial (k=0,75), respectivamente. Ainda utilizando a RIFI como comparação, foram obtidos valores de sensibilidade de 91,3% e 97,7% de especificidade no ELISA, e valores preditivos positivo de 65,2% e negativo de 99,6%; NAT apresentou resultados de sensibilidade de 26,1% e de especificidade de 97,9% com valores preditivos positivo de 37,5% e negativo de 96,5%. Com base nos resultados deste trabalho, sugerimos que a RIFI permaneça como técnica de escolha no estudo da neosporose caprina em amostras individuais, resguardando as recomendações e pontos de corte adotados neste estudo. Indicamos a associação de técnicas sorológicas de alta sensibilidade e especificidade.
Abstract in English:
Due to the high prevalence of mast cell tumors (MCTs) in the diagnostic routine, several factors, especially prognostic, have been sought to determine the biological behavior of these neoplasms. Immunohistochemistry (IHC) is one of the main tools utilized to biologically differentiate more aggressive tumors from less aggressive ones. However, some immunostainings are influenced by formalin fixation, interfering with the results. This is both a retrospective and prospective study of MCTs diagnosed in laboratory routine. A total of 25 samples, without knowledge about fixation time, were analyzed in the retrospective study, whereas 12 samples, with known fixation times, were assessed in the prospective study. Two histologic grading systems (Patnaik and Kiupel), special staining of toluidine blue, and IHC for KIT and Ki67 proteins were applied in both studies. Additionally, two amplification systems (biotinylated and non-biotinylated) for Ki67 protein and counting of the argyrophilic nucleolar organizing regions (AgNOR method) were tested in the prospective study. In the retrospective study, greater agreement between the evaluating pathologists was observed when the Kiupel system was used. IHC staining for KIT protein was effective in both studies, regardless of fixation time. IHC staining for Ki67 protein was highly sensitive to formaldehyde, and staining failure was observed in 56% of the cases in the retrospective study. In the prospective study, samples fixed for longer than 24 hours showed a reduction in the number of stained cells (altering the determination of the cell growth fraction) or showed absence of IHC staining in both amplification systems. The use of the AgNOR method to evaluate the rate of cell proliferation may be an alternative when the fixation time of the neoplasm is unknown or longer than 24 hours.
Abstract in Portuguese:
Devido a alta prevalência dos mastocitomas cutâneos caninos (MCCs) na rotina diagnóstica, vários fatores, especialmente fatores prognósticos, têm sido buscados para auxiliar na determinação do comportamento biológico desse neoplasma. A imuno-histoquímica é uma das principais ferramentas empregadas para diferenciar tumores biologicamente mais agressivos de tumores menos agressivos. Entretanto, algumas imunomarcações sofrem influência pela fixação em formol, interferindo nos resultados. Este estudo compreendeu avaliar através de uma etapa retrospectiva e uma etapa prospectiva casos de MCCs diagnosticados na rotina laboratorial. Um total de 25 amostras, sem conhecimento do tempo de fixação, foi analisado no estudo retrospectivo e 12 amostras, com tempos de fixação conhecidos, no estudo prospectivo. Foram aplicados nos dois estudos, dois sistemas de graduação histológica (Patnaik e Kiupel), a coloração especial de azul de toluidina e a imuno-histoquímica para as proteínas KIT e Ki67. Adicionalmente, no estudo prospectivo, foram testados dois sistemas de amplificação (biotinilado e não biotinilado) para a proteína Ki67 e a técnica de AgNOR (contagem das regiões organizadoras nucleolares argirofílicas). Na etapa retrospectiva, observou-se uma maior concordância entre os patologistas avaliadores quando o sistema Kiupel foi utilizado. A imunomarcação para KIT se manteve eficaz em ambos os estudos, independentemente do tempo de fixação. A imunomarcação para o Ki67 mostrou-se altamente sensível ao tempo de fixação em formol, sendo observada falha na imunomarcação em 56% dos casos do estudo retrospectivo. No estudo prospectivo, constatou-se que amostras fixadas por mais de 24 horas em formol apresentaram redução na quantidade de células imunomarcadas (alterando a determinação da fração de crescimento celular) ou apresentaram ausência de imunomarcação em ambos os sistemas de amplificação. A utilização do método AgNOR, para avaliar a taxa de proliferação celular, pode ser uma alternativa quando o tempo de fixação do neoplasma for desconhecido ou superior a 24 horas.
Abstract in English:
Numerous plant species worldwide including some Ipomoea (Convolvulaceae) and Sida (Malvaceae) species in Brazil cause lysosomal storage disease in herbivores and are known to contain swainsonine and calystegines as the main toxic compounds. The aim of this work was to determine swainsonine and calystegines concentrations in species of Convolvulaceae from the semiarid region of Pernambuco. Seven municipalities in the Moxotó region were visited and nine species were collected and screened for the presence of swainsonine and calystegines using an HPLC-APCI-MS method. The presence and concentration of these alkaloids within the same and in different species were very variable. Seven species are newly reported here containing swainsonine and/or calystegines. Ipomoea subincana contained just swainsonine. Ipomoea megapotamica, I. rosea and Jacquemontia corymbulosa contained swainsonine and calystegines. Ipomoea sericosepala, I. brasiliana, I. nil, I. bahiensis and I. incarnata contained just calystegines. The discovery of six Ipomoea species and one Jacquemontia species containing toxic polyhydroxy alkaloids reinforces the importance of this group of poisonous plants to ruminants and horses in the semiarid region of Pernambuco. Epidemiological surveys should be conducted to investigate the occurrence of lysosomal storage disease associated to these new species.
Abstract in Portuguese:
Numerosas espécies de plantas em todo o mundo, incluindo algumas espécies de Ipomoea (Convolvulaceae) e Sida (Malvaceae) no Brasil, causam doença de armazenamento lisossomal em herbívoros e são conhecidas por conterem swainsonina e calisteginas como princípios tóxicos. O objetivo deste trabalho foi determinar a concentração de swainsonina e calisteginas em espécies de Convolvulaceae da região semiárida de Pernambuco. Sete municípios na região do Sertão do Moxotó foram visitados, onde foram coletadas amostras das folhas de nove espécies de Convolvulaceae para avaliação da presença de swainsonina e calisteginas utilizando-se cromatografia líquida com espectrometria de massa. A presença e concentração destes alcaloides nas folhas de plantas da mesma espécie e dentre as espécies foram muito variáveis. Seis novas espécies de Ipomoea e uma espécie de Jacquemontia contendo swainsonina e/ou calisteginas são relatadas neste estudo. Ipomoea subincana continha apenas swainsonina. Ipomoea megapotamica, I. rosea e Jacquemontia corymbulosa continham swainsonina e calisteginas. Ipomoea sericosepala, I. brasiliana, I. nil, I. bahiensis e I. incarnata continham apenas calisteginas. A descoberta de novas espécies de Ipomoea e Jacquemontia contendo alcaloides polihidroxílicos tóxicos reforçam a importância deste grupo de plantas tóxicas para ruminantes e equinos na região semiárida de Pernambuco. Pesquisas epidemiológicas devem ser realizadas para investigar a ocorrência de doença de depósito lisossomal associada a essas novas espécies.
Abstract in English:
ABSTRACT.- Kim F.J.P., Silva A.E.M., Silva R.V.S., Kim P.C.P., Acosta A.C., Silva S.M.B.C., Sena M.J. & Mota R.A. 2018. [Detection of Aeromonas spp. and virulence gene aerolysin in Nile tilapia (Oreochromis niloticus) using PCR technique.] Detecção de Aeromonas spp. e do gene de virulência aerolisina em tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de PCR. Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1731-1735. Departamento de Desenvolvimento Educacional, Curso de Tecnologia em Agroecologia, Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Pernambuco, Campus Barreiros, Fazenda Sapé s/n, Zona Rural, Barreiros, PE 55560-000 Brazil. E-mail: fernando_kim@barreiros.ifpe.edu.br
Infections caused by bacteria of the genus Aeromonas are among the most common diseases in fish farming systems worldwide, and this disease occurs in all countries which have Nile tilapia (Oreochromis niloticus) farmed. The present work describes the development of a new multiplex PCR (mPCR) technique that diagnosis the genus Aeromonas and detects aerolysin gene (aerA). Reference strains of several Aeromonas species and other genera were used for standardization of mPCR. Strains of A. hydrophila from “pacaman” fish (Lophiosilurus alexandri) and Aeromonas spp. from Nile tilapia from farming systems were used too. Primers were designed based on the 16S rRNA region and aerA (aerolysin toxin). To verify a better annealing temperature were used gradients between 59°C and 61°C with 40ng of the DNA template. The 16S rRNA gene and the aerA gene amplification products showed 786 and 550 bp, respectively. The mPCR showed better annealing temperature at 57.6°C, and the detection limit for both genes (16S rRNA and aerA) was 10-10g/μL of the DNA. The standardized mPCR is quick, sensitive, and specific for Aeromonas spp. diagnosis and to detect aerolysin gene. This method showed advantages when compared to the conventional diagnostic methods and can be used in Nile tilapia or other fish farming systems. The detection of aerolysin gene is an important tool to determine the potential pathogenicity of Aeromonas spp. isolates.
Abstract in Portuguese:
RESUMO.- Kim F.J.P., Silva A.E.M., Silva R.V.S., Kim P.C.P., Acosta A.C., Silva S.M.B.C., Sena M.J. & Mota R.A. 2018. [Detection of Aeromonas spp. and virulence gene aerolysin in Nile tilapia (Oreochromis niloticus) using PCR technique.] Detecção de Aeromonas spp. e do gene de virulência aerolisina em tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de PCR. Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1731-1735. Departamento de Desenvolvimento Educacional, Curso de Tecnologia em Agroecologia, Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Pernambuco, Campus Barreiros, Fazenda Sapé s/n, Zona Rural, Barreiros, PE 55560-000 Brazil. E-mail: fernando_kim@barreiros.ifpe.edu.br
As infecções causadas por bactérias do gênero Aeromonas estão entre as doenças mais comuns em peixes cultivados em todo o mundo, com ocorrência de aeromoniose em todos os países que possuem cultivo de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). O presente trabalho descreve o desenvolvimento de uma nova multiplex PCR (mPCR) para diagnóstico de Aeromonas spp. e identificação do gene aerolisina (aerA). Para padronização da mPCR foram utilizadas cepas de referência de várias espécies do gênero Aeromonas e de outros gêneros. Também foram usadas cepas de campo de A. hydrophila oriundas de cultivos de peixes pacamãs (Lophiosilurus alexandri) e Aeromonas spp. de tilápias do Nilo. Os primers foram desenhados com base na região 16S rRNA e aerA. Para verificar a melhor temperatura de anelamento foram utilizados gradientes entre 59°C a 61°C com 40ng de DNA molde. Os produtos da amplificação da região 16S rRNA e do gene aerA apresentaram 786 e 550pb, respectivamente. A mPCR apresentou melhor temperatura de anelamento a 57,6°C com limite de detecção das concentrações de DNA em ambos genes (16S rRNA and aerA) de 10-10g/µL. A mPCR padronizada é rápida, sensível e específica no diagnóstico de Aeromonas spp. e identificação do gene aerolisina. Esta metodologia apresenta vantagens quando comparada aos métodos de diagnóstico convencionais, podendo ser utilizada em cultivos comerciais de tilápias do Nilo ou outros peixes. A identificação do gene aerolisina é uma importante ferramenta na determinação do potencial patogênico dos isolados de Aeromonas spp. estudados.
Abstract in English:
ABSTRACT.- Matto C., Varela G., Braga V., Vico V., Gianneechini R.E. & Rivero R. 2018. Detection of Listeria spp. in cattle and environment of pasture-based dairy farms. [Detecção de Listeria spp. em gados leiteiros no meio ambiente com base na pastagem.] Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1736-1741. Laboratorio Regional Noroeste DILAVE “Miguel C. Rubino”, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca, Ruta 3 Km 369, C.P. 60.000, Paysandú, Uruguay. E-mail: cmatto@mgap.gub.uy
The aim of the study was to detect Listeria spp., particularly Listeria monocytogenes, in cattle and environment of pasture based dairy farms in Paysandú, Uruguay. A two-stage sampling was conducted, 10 farms were selected by probability proportional to size. A single visit was made to each farm. Samples from bovine faeces, feedstuffs, bulk tank milk, drinking water and soil from the entry and exit pens of the milking parlour were collected for bacteriological studies. PCR assays were used to confirm species and determine the serotype profile of L. monocytogenes isolates. AscI-pulsed-field gel electrophoresis was done to genetically compare them. Listeria spp. were isolated from eight of ten dairy farms, whereas L. monocytogenes in three of them. Serotype distribution in L. monocytogenes was as follows: 1/2a, three isolates; 4b, one isolate. L. monocytogenes or L. innocua excreted from clinically healthy milking cows was detected via faeces. In feedstuffs, only one L. monocytogenes 1/2a isolate from a pasture was obtained. The strain was identical by PFGE to an isolate 1/2a obtained from a pool of milking cow feces that grazed on this farm. No isolation of Listeria spp. was retrieved from the bulk tank milk or drinking water from any of the farms. Listeria innocua was detected in 13 feedstuffs and seven samples of soil from the entry and exit pens of the milking parlour. This is a first local study that confirms the presence of Listeria spp. including L. monocytogenes in healthy cattle and environment of pasture-based dairy farms. These results suggest the potential role that healthy cattle and their sub-products would play as a source of these agents for humans and/or others animals. More detailed studies that include genetic comparison of human and animal isolates are required in order to clearly establish the epidemiological relationship.
Abstract in Portuguese:
RESUMO.- Matto C., Varela G., Braga V., Vico V., Gianneechini R.E. & Rivero R. 2018. Detection of Listeria spp. in cattle and environment of pasture-based dairy farms. [Detecção de Listeria spp. em gados leiteiros no meio ambiente com base na pastagem.] Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1736-1741. Laboratorio Regional Noroeste DILAVE “Miguel C. Rubino”, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca, Ruta 3 Km 369, C.P. 60.000, Paysandú, Uruguay. E-mail: cmatto@mgap.gub.uy
O objetivo deste trabalho foi detectar a presença de bactérias do gênero Listeria e particularmente Listeria monocytogenes, em bovinos leiteiros no ambiente de Paysandú, Uruguai. Foi realizada uma amostragem em duas etapas, dez estabelecimentos foram selecionados por probabilidade proporcional ao tamanho. Foi realizada uma única visita a cada propriedade. Foram coletadas amostras para cultura bacteriológica de matéria fecal bovina, além de alimentos, leite do tanque de resfriamento, água e solo na entrada e saída da sala de ordenha. Com os isolados de L. monocytogenes foi realizado PCR para a confirmação da espécie e determinação do perfil do serotipo. AscI-elctroforese em gel de campo pulsado foi realizado para compará-los geneticamente. Listeria spp. foram isoladas de oito de dez estabelecimentos, enquanto L. monocytogenes foram detectadas em três deles. A distribuição dos serotipos nos isolados de L. monocytogenes recuperados foi: 1/2a três isolados, 4b um isolado. Foram detectadas vacas leiteras clinicamente sadias ​​que excretaram L. monocytogenes ou L. innocua nas fezes. Dos alimentos do gado houve só um isolamento de L. monocytogenes 1/2a em uma pastagem. Esta estirpe foi idêntica no PFGE a um isolado 1/2a obtido de uma “piscina” de fezes de vacas leiteiras do mesmo estabelecimento. Não houve isolamento de Listeria no leite do tanque de resfriamento ou na água de nenhum dos estabelecimentos. Listeria innocua foi detectada em 13 alimentos para o gado e sete amostras de solo na entrada e saída da sala de ordenha. Este parece ser o primeiro estudo local que confirma a presença de Listeria spp. incluindo L. monocytogenes em vacas leiteiras sadias e no meio ambiente de propriedades leiteiras com base alimentícia na pastagem. Esses resultados sugerem o potencial de vacas sadias e seus subprodutos como possível fonte desses agentes para humanos e/ou outros animais. São necessários estudos mais detalhados que incluem a comparação genética de isolados humanos e de animais para estabelecer claramente seu relacionamento epidemiológico.
Abstract in English:
ABSTRACT.- Leal C.A.S., Kim P.C.P., Almeida J.C., Melo R.P.B., Santos A.S., Lima D.C.V., Pinheiro Júnior J.W. & Mota R.A. 2018. [Standardization of a PCR multiplex for the detection of dermatophytes in dogs and cats fur and crusts.] Padronização de multiplex PCR para detecção de dermatófitos em pelos e crostas de cães e gatos. Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1824-1828. Laboratório de Doenças Infecciosas dos Animais Domésticos, Departamento de Medicina Veterinária, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Av. Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: c_adrianosl@hotmail.com
The aim of this study was to standardize a multiplex PCR (mPCR) reaction to detect Microsporum canis, Microsporum gypseum and the Trichophyton mentagrophytes complex in dog and cat fur and/or crusts. 250 fur and/or crusts samples from dogs and cats were analyzed by direct examination and culture, DNA from them was extracted for mPCR. Primers were designed and the DNA extracted from colonies of M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) and T. mentagrophytes (URM 6211) from the Collection of Cultures - URM Micoteca - Department of Mycology, Biological Sciences Center of the Federal University of Pernambuco (CCB / UFPE). As negative controls, sterile distilled water and DNA extracted from Alternaria sp., were used to verify the specificity of the primers. Of the total samples analyzed, 15 (6%) were identified in culture as dermatophytes, and of these, 10 were M. canis, three M. gypseum and two T. mentagrophytes (complex). Of these 15 positive samples, 11 (73.3%) were detected by mPCR. Besides these, six others, negative in culture, were identified as M. gypseum. There was good agreement between culture results and mPCR (Kappa: 0.66). The protocol standardized in this study can be used as a screening method, because it has a sensitivity greater than that of the culture, used in parallel to the routine exams, allowing a diagnosis in a shorter time.
Abstract in Portuguese:
RESUMO.- Leal C.A.S., Kim P.C.P., Almeida J.C., Melo R.P.B., Santos A.S., Lima D.C.V., Pinheiro Júnior J.W. & Mota R.A. 2018. [Standardization of a PCR multiplex for the detection of dermatophytes in dogs and cats fur and crusts.] Padronização de multiplex PCR para detecção de dermatófitos em pelos e crostas de cães e gatos. Pesquisa Veterinária Brasileira 38(9):1824-1828. Laboratório de Doenças Infecciosas dos Animais Domésticos, Departamento de Medicina Veterinária, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Av. Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: c_adrianosl@hotmail.com
Objetivou-se padronizar uma reação do tipo multiplex PCR (mPCR) para detectar Microsporum canis, Microsporum gypseum e o complexo Trichophyton mentagrophytes em amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos. 250 amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos foram analisadas por meio de exame direto e cultura, o DNA das mesmas foi extraído para mPCR. Primers foram desenhados e como controle positivo da reação utilizou-se o DNA extraído de colônias de M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) e T. mentagrophytes (URM 6211), provenientes da Coleção de Culturas (Micoteca URM), Departamento de Micologia, Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Pernambuco (CCB/UFPE). Como controles negativos de reação, utilizou-se água destilada esterilizada e DNA extraído de Alternaria sp. para verificar a especificidade dos primers. Do total de amostras analisadas, 15 (6%) foram identificadas, em cultura, como dermatófitos, e destas, 10 foram M. canis, três M. gypseum e dois T. mentagrophytes (complexo). Destas 15 amostras positivas, 11 (73,3%) foram detectadas por meio da mPCR. Além destas, seis outras, negativas em cultura, foram identificadas como M. gypseum. Verificou-se uma boa concordância entre os resultados da cultura e mPCR (Kappa: 0,66). O protocolo padronizado neste estudo pode ser utilizado como um método de triagem, por apresentar uma sensibilidade maior que a da cultura, usado paralelamente aos exames de rotina, permitindo um diagnóstico em menor tempo.
Abstract in English:
Salmonella detection is a key point in food safety testing, because of the frequent association of this pathogen with food poisoning in humans. The standard bacteriological tests currently used for Salmonella-detection are time-consuming; therefore, there is a need to develop alternative methods to accelerate the detection. In order to accelerate Salmonella diagnosis, we used the immunomagnetic separation assay associated with bacteriophage P22 for the rapid detection of the following Salmonella serovars in chicken rinses of drumsticks, artificially contaminated with 5, 10, and 100 CFU/25mL of bacteria: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg (S. Heidelberg), Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis) and Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium). The efficiency of the technique, represented by the time required for detection of positive and negative samples, was compared with that of the standard diagnostic tests used for this pathogen, the bacteriological assay and the polymerase chain reaction (PCR)-based test. This study confirmed the ability of the bacteriophage-associated immunomagnetic separation assay to identify 99.6% of Salmonella-positive samples of the three serovars tested. In contrast, the bacteriological assay and PCR-based test detected 95.1% and 98.5% of the Salmonella-positive samples respectively.
Abstract in Portuguese:
A detecção de Salmonella é um ponto crucial para a segurança alimentar, devido a frequente associação deste patógeno com infecções alimentares em humanos. O método padrão para detecção de Salmonella é o bacteriológico, mas o tempo requerido para o processamento das amostras e o diagnóstico final é longo, por isso existe a necessidade de desenvolvimento de métodos alternativos que visem acelerar esta etapa. Para isto utilizamos a separação imunomagnética associada ao bacteriófago P22 como técnica de detecção rápida para os seguintes sorovares de Salmonella: Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Heidelberg (S. Heidelberg), Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Enteritidis (S. Enteritidis) e Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Typhimurium (S. Typhimurium), os quais foram inoculados artificialmente em lavados de sobre‑coxas de frango nas seguintes concentrações: 5, 10 e 100 UFC/25mL. A eficiência da técnica, representada pelo tempo requerido para detecção de amostras positivas ou negativas, foi comparado com os testes rotineiramente utilizados para detecção de Salmonella, o exame bacteriológico e a reação em cadeia da polimerase (PCR). Este estudo confirmou a capacidade do teste de separação imunomagnética associado a bacteriófago, o qual identificou 99,6% das amostras positivas para Salmonella, dos três sorovares testados. Já o bacteriológico e PCR identificaram respectivamente 95,1% e 98,5% das amostras positivas.
Abstract in English:
This study evalueted the prevalence of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in milk samples from 257 goats (513 half-udders) and ten bulk tanks, from ten dairy goat farms of São Paulo State, Brazil, by multiplex-PCR. The samples were screened by microbiological culture (gold-standard), and tested by different multiplex-PCR protocols for the detection of each bacterium. A total of 178 half-udders resulted positive by microbiological culture, with coagulase-negative staphylococci (70%), S. aureus (13.5%), S. intermedius (7.9%), and Enterobacteriaceae (4%) the prevalent pathogens. In other way, multiplex-PCR detected 173 pathogens in 151/523 (28.9%; CI95% 25.2-32.9%) milk samples 144/513 (28.1%) half-udders and 7/10 (70%) bulk tanks, with E. coli (86/162, 51.9%) and S. aureus (50/162, 30.9%) the prevalent ones in half-udders, and S. aureus (6/10, 60%) and E. coli (4/5, 36.4%) in bulk tanks. Multiplex-PCR showed a high performance for the detection of three bacteria at a time in mastitic goat milk direct from half-udders or bulk tanks. Thus, this multiplex-PCR protocol proved to be an adequate tool for the identification of the most common mastitis pathogens, independent of their phenotypic characteristics in the diagnosis of clinical mastitis in goats, allowing a continuous and better vigilance and monitoring the herd, being included in quality programs.
Abstract in Portuguese:
Este estudo avaliou por multiplex-PCR a prevalência de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em amostras de leite de 257 caprinos (513 tetos) e dez tanques de expansão, em dez fazendas leiteiras do estado de São Paulo, Brasil. As amostras foram triadas por cultura microbiológica (padrão‑uro) e testadas por diferentes protocolos multiplex-PCR para a detecção de cada bactéria. Um total de 178 amostras de leite foram positivos na cultura microbiológica, com estafilococos coagulase-negativos (70%), S. aureus (13,5%), S. intermedius (7,9%) e Enterobacteriaceae (4%) como patógenos prevalentes. Por outro lado, a PCR multiplex detectou 173 patógenos em 151/523 (28,9%, IC95% 25,2-32,9%) amostras de leite, 144/513 (28,1%) amostras de tetos e 7/10 (70%) em tanques de expansão, E. coli (86/162, 51,9%) e S. aureus (50/162, 30,9%) foram identificados nas amostras de tetos e S. aureus (6/10, 60%) e E. coli (4/5, 36,4%) em tanques expansão. Multiplex-PCR mostrou um alto desempenho para a detecção das três bactérias em leite de cabra com mastite ou em tanques de expansão. Dessa forma, este protocolo multiplex-PCR provou ser uma ferramenta adequada para a identificação dos patógenos mais comuns da mastite, independentemente de suas características fenotípicas no diagnóstico de mastite clínica em caprinos, permitindo uma vigilância contínua e melhor acompanhamento do rebanho, sendo incluído em programas de qualidade.