PESQUISA VETERINÁRIA BRASILEIRA

Abstract in English:

ABSTRACT.- Mayer F.Q., Reis E.M., Bezerra A.V.A., Rodrigues R.O., Michel T., Cerva C. & Bertagnolli A.C. 2017. Nasal swab real-time PCR is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis. Pesquisa Veterinária Brasileira 37(6):549-554. Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Estrada Municipal do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: bimmayer@gmail.com Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.

• Tuberculosis tuberculin test Mycobacterium tuberculosis complex Mycobacterium avium complex Mycobacterium bovis swab nasal tuberculose bovina teste da tuberculina complexo Mycobacterium tuberculosis complexo Mycobacterium avium

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Mayer F.Q., Reis E.M., Bezerra A.V.A., Rodrigues R.O., Michel T., Cerva C. & Bertagnolli A.C. 2017. Nasal swab real-time PCR is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis. [A PCR em tempo real de swab nasal não é adequada para o diagnóstico in vivo de tuberculose bovina.] Pesquisa Veterinária Brasileira 37(6):549-554. Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Estrada Municipal do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: bimmayer@gmail.com A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Dória R.G.S., Passarelli D., Chequer T.N., Reginato G.M., Hayasaka Y.B., Fantinato Neto P., Grigoletto R. & Freitas S.H. 2016. [Clinical investigation and comparison of blood smear and PCR to diagnose haemoparasites in Sports Horses and Traction Horses (Cart Horses).] Investigação clínica e comparação do esfregaço sanguíneo e PCR para diagnóstico de hemoparasitas em equinos de esporte e tração (carroceiros). Pesquisa Veterinária Brasileira 36(8):724-730. Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, Rua Duque de Caxias Norte 225, Pirassununga, SP 13635-900, Brazil. E-mail: redoria@usp.br The blood profile is usually explored in equine medicine to find changes not detected through clinical examination. The haematozoa search in horses, often presents conflicting results between the clinical picture presented by the animal and the laboratory result, raising the hypothesis that the hematozoa search technique is responsible for diagnostic failures. Thus, this study aims to compare the values obtained from blood tests in 15 sports horses and 15 traction horses (cart horses), taking into account differences such as nutritional characteristics, state of health and type of activity performed, and to compare the different techniques with hematozoa search, as blood smear and PCR. It was found that only the traction horses showed mean values of red blood cells, hematocrit and hemoglobin below the considered physiological for the species, although 100% of the animals of both experimental groups were considered positive for hemoparasitoses by PCR. It was verified the superiority of hemoparasites search method by PCR, compared with blood smear performed by different techniques, since only 33.3% of the horses were considered positive for Theileria equi by this technique, while the PCR showed 100% positive for Theileria equi, Babesia caballi and mixed infection. None of the animals studied was diagnosed with Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia equi) and Ehrlichia risticcii (Neoricketsia risticii). It is shown that many cases of hemoparasitosis absence of diagnostic by hematological exams and or blood smears are erroneous due to the low sensitivity of the technique and may impact on treatment failure or spread of blood parasites and hemoparasitoses. It is noteworthy to stres the importance of tests such as PCR for the definitive diagnosis.

• Haemoparasites blood smear PCR esfregaça sanguineo

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Dória R.G.S., Passarelli D., Chequer T.N., Reginato G.M., Hayasaka Y.B., Fantinato Neto P., Grigoletto R. & Freitas S.H. 2016. [Clinical investigation and comparison of blood smear and PCR to diagnose haemoparasites in Sports Horses and Traction Horses (Cart Horses).] Investigação clínica e comparação do esfregaço sanguíneo e PCR para diagnóstico de hemoparasitas em equinos de esporte e tração (carroceiros). Pesquisa Veterinária Brasileira 36(8):724-730. Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, Rua Duque de Caxias Norte 225, Pirassununga, SP 13635-900, Brazil. E-mail: redoria@usp.br Na clínica médica de equinos, explora-se o perfil hematológico do animal, geralmente, com a finalidade de encontrar alterações que não foram constatadas ao exame clínico. A pesquisa de hematozoários em equinos, muitas vezes, apresenta resultados conflitantes entre o quadro clínico apresentado pelo animal e o resultado laboratorial, levantando a hipótese de que a técnica de pesquisa de hematozoários seja a responsável por falhas diagnósticas. Este estudo visa comparar os valores obtidos em exames hematológicos de 15 equinos de esporte e 15 equinos de tração (carroceiros), levando-se em consideração diferenças como características nutricionais, estado de higidez e tipo de atividade realizada, e comparar as diferentes técnicas de pesquisa de hematozoários, como esfregaço sanguíneo e PCR. Verificou-se que apenas os equinos de tração apresentaram valores médios de hemácias, hematócrito e hemoglobina abaixo do considerado fisiológico para a espécie, embora 100% dos animais, de ambos os grupos experimentais, tenham sido considerados positivos para hemoparasitoses por PCR. Verifica-se a superioridade do método de pesquisa de hemoparasitas por PCR, em comparação com esfregaço sanguíneo, realizado por diferentes técnicas, visto que apenas 33,3% dos animais foram considerados positivos para Theileria equi por esta técnica, enquanto que o PCR revelou 100% de positividade, para Theileria equi, Babesia caballi e infecção mista. Nenhum dos animais estudados foi diagnosticado com Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia equi) e Ehrlichia risticcii (Neoricketsia risticii). Verifica-se, então, que muitos dos diagnósticos de ausência de hemoparasitose por exame hematológico e ou esfregaço sanguíneo são errôneos, devido à baixa sensibilidade da técnica e podem repercutir em falha no tratamento ou disseminação dos hemoparasitos e das hemoparasitoses. Ressalta-se, então, a importância de exames como o PCR na elaboração de diagnóstico definitivo.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Ribeiro E.L., Oliveira A.G.G., Laguardia-Nascimento M., Mata C.P.S.M.N., Reis J.K.P. & Fonseca Jr A.A. 2016. [Comparative study and validation of three quantitative PCR (qPCR) techniques for the diagnosis of African Swine Fever.] Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR quantitativa (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana. Pesquisa Veterinária Brasileira 36(6):473-478. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva, Escola de Veterinária, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Pres. Antônio Carlos 6627, Pampulha, Belo Horizonte, MG 31270-901, Brazil. E-mail: jenner@ufmg.br This study evaluated the performance of three real time PCR techniques (qPCR) for the diagnosis of African Swine Fever in tissue samples. The three chosen techniques are based on amplification of viral protein VP72 gene sequences and are recommended by OIE (PSA-OIE), the United States official laboratories (PSA-USDA) and the European Union (PSA-EU). Target sequences of the viral DNA were inserted into synthetic plasmid, which served as a positive control for the standardization of techniques and optimization of reagents, determination of limits of detection and performance verification testing. To gauge repeatability and reproducibility of techniques, standard procedures were repeated on different days by two analysts and by changing mix reagents and equipment, and also by another laboratory. Analytical sensitivity tests were done with reference samples provided by an OIE reference laboratory and analytical and diagnostic specificity were tested with negative samples. The PSA-EU and PSA-USDA techniques were more advantageous to use because of lower concentration of oligos used. There were no significant differences in quantitative results varying the days of tests, analysts, equipment and the mix of reagents. The three techniques had high analytical and diagnostic specificity and sensitivity. The three qPCR techniques were considered equivalent and effective and can be adopted by any laboratory for issuing official diagnosis of African Swine Fever.

• African swine fever Peste Suína Africana

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Ribeiro E.L., Oliveira A.G.G., Laguardia-Nascimento M., Mata C.P.S.M.N., Reis J.K.P. & Fonseca Jr A.A. 2016. [Comparative study and validation of three quantitative PCR (qPCR) techniques for the diagnosis of African Swine Fever.] Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR quantitativa (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana. Pesquisa Veterinária Brasileira 36(6):473-478. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva, Escola de Veterinária, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Pres. Antônio Carlos 6627, Pampulha, Belo Horizonte, MG 31270-901, Brazil. E-mail: jenner@ufmg.br Este estudo verificou o desempenho de três técnicas de PCR quantitativa (Real-Time) para o diagnóstico de Peste Suína Africana, uma doença exótica no Brasil, a partir de amostras de tecidos. As três técnicas escolhidas baseiam-se na amplificação de sequências do gene da proteína viral VP72 e são preconizadas, cada uma, por laboratórios oficiais da OIE (PSA-OIE), dos Estados Unidos (PSA-USDA) e da União Europeia (PSA-EU), respectivamente. Oligonucleotídeos iniciadores e sondas de hidrólise marcadas com fluoróforos foram sintetizados conforme a literatura de referência consultada. Sequências-alvo do DNA viral foram inseridos em plasmídeo sintético, os quais serviram de controle positivo para a padronização das técnicas e otimização de reagentes, determinação dos limites de detecção e testes de verificação de desempenho. Para aferição de repetibilidade e reprodutibilidade das técnicas, as técnicas padronizadas foram repetidas em dias diferentes, por um segundo analista, com alteração no mix comercial de reagentes utilizado e em um equipamento diferente, e também por outro laboratório. Realizaram-se, ainda, provas de sensibilidade analítica com amostras de DNA viral de referência e especificidade analítica e diagnóstica, com amostras negativas. As técnicas de PSA-EU e PSA-USDA apresentaram-se mais vantajosas quanto ao consumo de iniciadores. Não houve diferenças significativas nos resultados quantitativos variando-se os dias dos ensaios, os analistas, os equipamentos e o mix de reagentes. As três técnicas apresentaram alta especificidade analítica e diagnóstica e sensibilidade diagnóstica. As três técnicas de qPCR mostraram-se eficazes para serem adotadas por um mesmo laboratório para emissão de diagnósticos oficiais de Peste Suína Africana.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Mettifogo E., Buzinhani M., Buim M.R., Timenetsky J. & Ferreira A.J.P. 2015. Evaluation of a PCR multiplex for detection and differentiation of Mycoplasma synoviae, M. gallisepticum, and M. gallisepticum strain F-vaccine. Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):13-18. Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: ajpferr@usp.br Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS) are the mycoplasma infections of most concern for commercial poultry industry. MG infection is commonly designated as chronic respiratory disease (CRD) of chickens and infections sinusitis of turkeys. MS causes sub clinical upper respiratory infection and tenosynovitis or bursitis in chickens and turkeys. The multiplex PCR was standardized to detect simultaneously the MS, MG field strains and MG F-vaccine strain specific. The generic PCR for detection of any species of Mollicutes Class was performed and compared to the multiplex PCR and to PCR using species-specific primers. A total of 129 avian tracheal swabs were collected from broiler-breeders, layer hens and broilers in seven different farms and were examined by multiplex PCR methods. The system (multiplex PCR) demonstrated to be very rapid, sensitive, and specific. Therefore, the results showed a high prevalence of MS in the flocks examined (27.9%), and indicate that the MS is a recurrent pathogen in Brazilian commercial poultry flocks.

• Mycoplasma gallisepticum Mycoplasma synoviae

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Mettifogo E., Buzinhani M., Buim M.R., Timenetsky J. & Ferreira A.J.P. 2015. Evaluation of a PCR multiplex for detection and differentiation of Mycoplasma synoviae, M. gallisepticum, and M. gallisepticum strain F-vaccine. [Avaliação de uma PCR multiplex para detecção e diferenciação de Mycoplasma synoviae, Mycoplasma gallisepticum e Mycoplasma gallisepticum cepa F vacinal.] Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):13-18. Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: ajpferr@usp.br Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS) são micoplasmas que causam infecção de maior preocupação para a indústria avícola. MG é a bactéria responsável pela infecção, comumente designada, como doença crônica respiratória (DCR) de galinhas e sinusite infecciosa de perus. MS é responsável por infecções subclínicas do trato respiratório superior e tenosinovite ou bursite em galinha e perus. A reação da PCR multiplex foi padronizada para detectar simultaneamente MS, MG cepa de campo e MG-F cepa vacinal. A PCR genérica para detecção de qualquer espécie de Mycoplasma foi realizada e comparada a PCR multiplex e a PCR com primers específicos. O total de 129 amostras de suabes de traqueia foi coletado de reprodutoras pesadas, poedeiras e frangos em sete diferentes empresas avícolas e então foram examinados por PCR multiplex. O sistema da PCR multiplex demonstrou ser muito rápido, sensível e específico. Então, os resultados mostraram uma alta prevalência de MS nos lotes examinados ( 27,9%), e indica que MS é um patógeno recorrente nos lotes de aves comerciais brasileiro.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Marconi E.C.M., Bernardes N.T.C.G., Beserra L.A.R., Silva F.D.F. & Gregori F. 2015. Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis. Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):39-43. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Universidade de São Paulo, Av. Professor Dr. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: fabiogregori@gmail.com Group A Rotavirus (RVA) is one of the most common causes of diarrhea in humans and several animal species. A SYBR-Green Real-Time polymerase chain reaction (PCR) was developed to diagnose RVA from porcine fecal samples, targeting amplification of a 137-bp fragment of nonstructural protein 5 (NSP5) gene using mRNA of bovine NADH-desidrogenase-5 as exogenous internal control. Sixty-five samples were tested (25 tested positive for conventional PCR and genetic sequencing). The overall agreement (kappa) was 0.843, indicating ‘very good’ concordance between tests, presenting 100% of relative sensitivity (25+ Real Time PCR/25+ Conventional PCR) and 87.5% of relative sensitivity (35- Real Time PCR/40- Conventional PCR). The results also demonstrated high intra- and inter-assay reproducibility (coefficient of variation ≤1.42%); thus, this method proved to be a fast and sensitive approach for the diagnosis of RVA in pigs.

• Rotavirus rotavírus

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Marconi E.C.M., Bernardes N.T.C.G., Beserra L.A.R., Silva F.D.F. & Gregori F. 2015. Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis. [Desenvolvimento de um teste de PCR em Tempo Real para o diagnóstico de rotavírus suínos do Grupo A.] Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):39-43. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Universidade de São Paulo, Av. Professor Dr. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: fabiogregori@gmail.com Rotavírus do grupo A (RVA) é uma das causas mais frequentes de diarreias em humanos e várias espécies animais. Um teste de PCR em Tempo Real com SYBR-Green foi desenvolvido visando o diagnóstico de RVA a partir de fezes suínas, através da amplificação de um fragmento de 137 pares de bases do gene da proteína não estrutural 5 (NSP5) viral e de mRNA de NADH-desidrogenase-5 bovina como controle interno exógeno. Foram testadas 65 amostras (25 delas positivas por PCR convencional e sequenciamento nucleotídico). A concordância entre os testes foi de 0,843, considerada “muito boa”, apresentando 100% de sensibilidade relativa (25+ PCR Tempo Real/25+ PCR convencional) e 87,5% de sensibilidade relativa (35- PCR Tempo Real/40- PCR convencional). Os resultados também demonstraram elevada reprodutibilidade inter e intra-ensaio (coeficiente de variação ≤ 1,42%); portanto, este método demonstrou ser uma rápida e sensível alternativa para o diagnóstico de RVA em suínos.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Silva V.A.S., Kim P.C.P., Barros M.R., Vilela S.M.O., Silva L.B.G. & Mota R.A. 2014. [Avibacterium paragallinarum identification in broiler and commercial laying hens in the state of Pernambuco, Brazil.] Identificação de Avibacterium paragallinarum em frangos de corte e poedeiras comerciais no Estado de Pernambuco. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(9):819-821. Labora­tório de Doenças Infecciosas dos Animais Domésticos, Departamento de Medicina Veterinária, Universidade Federal Ru­ral de Pernambuco, Avenida Dom Manoel de Medeiros s/n, Bairro Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: rinaldo.mota@hotmail.com Pullets of the Brazilian poultry industry are susceptible to outbreaks of infectious diseases with economic losses, mainly caused by Mycoplasma, Avibacterium paragallinarum and viruses affecting the respiratory tract. The objective of this study was to verify the involvement of A. paragallinarum in an outbreak of avian respiratory disease. Eighteen swabs from the infra-orbital sinuses were collected, six samples from broilers and twelve from hens with clinical signs. The samples were cultured in specific media for the agent and also tested with the molecular technique of Polymerase Chain Reaction (PCR). All samples cultured in specific media were negative; PCR revealed two samples (16.66%) as positive. The detection of A. paragallinarum by PCR in laying hens with clinical respiratory signs indicates that this bacterium is associated with the etiology of respiratory syndrome in poultry farms in the state of Pernambuco.

• Avibacterium paragallinarum infectious coryza PCR coriza infecciosa

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Silva V.A.S., Kim P.C.P., Barros M.R., Vilela S.M.O., Silva L.B.G. & Mota R.A. 2014. [Avibacterium paragallinarum identification in broiler and commercial laying hens in the state of Pernambuco, Brazil.] Identificação de Avibacterium paragallinarum em frangos de corte e poedeiras comerciais no Estado de Pernambuco. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(9):819-821. Labora­tório de Doenças Infecciosas dos Animais Domésticos, Departamento de Medicina Veterinária, Universidade Federal Ru­ral de Pernambuco, Avenida Dom Manoel de Medeiros s/n, Bairro Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: rinaldo.mota@hotmail.com As aves da indústria avícola brasileira são suscetíveis a surtos de doenças infecciosas relacionadas a perdas econômicas, principalmente por enfermidades infecciosas causadas por Mycoplasma, Avibacterium paragallinarum e vírus que acometem o trato respiratório. Objetivou-se neste estudo pesquisar o envolvimento de A. paragallinarum em surto de doença respiratória aviária. Foram coletados 18 swabs da região infraorbitária dos seios nasais de aves, sendo seis amostras de frangos de corte com sinais clínicos e 12 de poedeiras com sinais clínicos. As amostras foram cultivadas em meios específicos para o agente e também testadas com a técnica molecular Reação em Cadeia de Polimerase. Das amostras analisadas no isolamento, 100% foram negativas. Na PCR, duas (16,66%) foram positivas. A detecção de A. paragallinarum na PCR em galinhas poedeiras com sinais clínicos respiratótios indica que esta bactéria está associada à etiologia da síndrome respiratória das aves nas granjas no estado de Pernambuco.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Caitano M.A.B., Soares C.O., Ramos C.A.N., Ferraz A.L.J., Sanches C.C. & Rosinha G.M.S. 2014. [Detection of Brucella abortus in bovine tissue using PCR and qPCR.] Detecção de Brucella abortus em tecidos bovinos utilizando ensaios de PCR e qPCR. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(6):497-502. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Av. Felinto Müller 2443, Ipiranga, Campo Grande, MS 79070-900, Brazil. E-mail: gracia.rosinha@embrapa.br The aim of the study was to evaluate the technical polymerase chain reaction (PCR) and Real-Time PCR (qPCR) to detect Brucella abortus from bovine tissues with suggestive lesions of brucellosis. For this, 21 fragments of bovine tissues collected at abattoirs of Mato Grosso do Sul were processed and subjected to microbiological culture and extraction of genomic DNA to perform the PCR reactions and qPCR. Eight samples of microbiological culture showed bacterial growth and five samples were confirmed as B. abortus by PCR. DNA of Brucella (IS711 primers) was detected in 13 (61.9%) directly from tissue samples and 17 (81%) from tissue homogenate samples. With the species-specific set of primers BruAb2_0168F and BruAb2_0168R, 14 (66%) tissue samples and 18 (85.7%) tissue homogenate samples were positive. Six positive samples in the species-specific PCR were sequenced and the best hit in the BLASTn analysis was B. abortus. By qPCR, 21 (100%) tissue samples and 19 (90.5%) tissue homogenate samples were positive for B. abortus. Ten samples of DNA from bovine blood from an accredited-free herd were used as negative control in PCR and qPCR analysis using the primers BruAb2_0168F and BruAb2_0168R, and no one amplified by PCR, whereas two samples were amplified by qPCR (20%). In conclusion, both techniques detect the presence of B. abortus directly from tissues and homogenized, but the qPCR showed high sensitivity. The results indicate that qPCR can represent an alternative tool for faster and more accurate detection of B. abortus directly from tissues, and use in health surveillance programs by presenting satisfactory sensitivity and specificity.

• Brucellosis Brucella abortus brucelose

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Caitano M.A.B., Soares C.O., Ramos C.A.N., Ferraz A.L.J., Sanches C.C. & Rosinha G.M.S. 2014. [Detection of Brucella abortus in bovine tissue using PCR and qPCR.] Detecção de Brucella abortus em tecidos bovinos utilizando ensaios de PCR e qPCR. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(6):497-502. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Av. Felinto Müller 2443, Ipiranga, Campo Grande, MS 79070-900, Brazil. E-mail: gracia.rosinha@embrapa.br Objetivou-se no presente estudo avaliar as técnicas reação em cadeia da polimerase (PCR) e PCR em Tempo Real (qPCR) para detectar Brucella abortus, a partir de tecidos bovinos com lesões sugestivas de brucelose. Para isto, 21 fragmentos de tecidos bovinos coletados em abatedouros de Mato Grosso do Sul foram processados e submetidos ao cultivo microbiológico e extração do DNA genômico para realização das reações de PCR e qPCR. No cultivo microbiológico, oito amostras apresentaram crescimento bacteriano e cinco foram confirmadas como B. abortus por PCR. Diretamente das amostras de tecido, DNA do gênero Brucella (oligonucleotídeos IS711) foi detectado em 13 (61,9%) amostras de tecido e 17 (81%) amostras de homogeneizado. Já com os oligonucleotídeos espécie-específicos BruAb2_0168F e BruAb2_0168R, 14 (66%) amostras de tecido e 18 (85,7%) amostras de homogeneizado foram amplificadas. Seis amostras positivas na PCR espécie-específica foram sequenciadas e o best hit na análise BLASTn foi B. abortus. Na qPCR, 21 (100%) amostras de tecidos e 19 (90,5%) amostras de homogeneizado foram positivas para B. abortus. Dez amostras de DNA de sangue bovino de rebanho certificado livre foram utilizadas como controle negativo nas análises de PCR e qPCR utilizando-se os oligonucleotídeos BruAb2_0168F e BruAb2_0168R. Na PCR nenhuma amostra amplificou, enquanto que na qPCR 2 (20%) amplificaram. Conclui-se que as duas técnicas detectam a presença de B. abortus diretamente de tecidos e homogeneizados, porém a qPCR apresentou maior sensibilidade. Os resultados obtidos indicam que a qPCR pode representar uma alternativa rápida e precisa para a detecção de B. abortus diretamente de tecidos, e ser utilizada em programas de vigilância sanitária, por apresentar sensibilidade e especificidade satisfatórias.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Bacanelli G.M., Ramos C.A.N. & Araújo F.R. 2014. Molecular diagnosis of Anaplasma marginale in cattle: quantitative evaluation of a real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) based on msp5 gene. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(1):29-33. Embrapa Gado de Corte, Avenida Rádio Maia 830, Campo Grande, MS 79106-550, Brazil. E-mail: flabio.araujo@embrapa.br The rickettsia Anaplasma marginale is considered the main agent of bovine anaplasmosis. Due the nonspecific clinical signs of the anaplasmosis, the diagnosis of infection depends of laboratory confirmation. In recent years, molecular diagnostic methods have been used to detect A. marginale in cattle. However, the existence of a large number of assays of different sensitivity and cost makes the choice of an appropriate test difficult. In the present study, a real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) based on the msp5 target gene was quantitatively assessed and compared to an end point PCR. Both reactions were subjected to sensitivity and specificity evaluation using plasmid DNA and samples from cattle experimentally infected with A. marginale. A comparative field trial of the tests was carried out using samples of cattle from a stable enzootic area for A. marginale. The real-time PCR showed a higher sensitivity than the end point PCR. This reaction (i.e. real-time PCR) was able to detect one copy of the msp5 gene in 100 ηg of plasmidial DNA, and more than 80% of its results were positive among experimentally infected animals seven days after infection. In addition, based on in silico analysis, the real-time PCR evaluated in the present study appears to be useful for the detection of A. ovis.

• Anaplasma marginale msp5 gene gene msp5

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Bacanelli G.M., Ramos C.A.N. & Araújo F.R. 2014. Molecular diagnosis of Anaplasma marginale in cattle: quantitative evaluation of a real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) based on msp5 gene. [Diagnóstico molecular de Anaplasma marginale em bovinos: avaliação quantitativa de uma PCR em tempo real baseada no gene msp5.] Pesquisa Veterinária Brasileira 34(1):29-33. Embrapa Gado de Corte, Avenida Rádio Maia 830, Campo Grande, MS 79106-550, Brazil. E-mail: flabio.araujo@embrapa.br A riquétsia Anaplasma marginale é considerada o principal agente da anaplasmose bovina. Devido a não especificidade dos sinais clínicos, a confirmação da infecção nos animais depende de testes laboratoriais. Recentemente, métodos de diagnóstico molecular têm sido aplicados para detecção de A. marginale em bovinos. No entanto, a grande quantidade de testes com diferentes sensibilidade e custos tem dificultado a escolha do ensaio mais adequado. No presente estudo, uma PCR em tempo real baseada no gene msp5 foi avaliada quantitativamente e comparada a uma reação de PCR convencional. As reações foram submetidas à avaliação de sensibilidade e especificidade com DNA plasmidial e amostras provenientes de bovinos experimentalmente infectados por A. marginale. Uma avaliação comparativa a campo foi realizada entre os testes utilizando amostras provenientes de bovinos criados em uma região de estabilidade enzoótica para A. marginale. Embora os testes não tenham apresentado diferença estatisticamente significativa, a PCR em tempo real apresentou valor de sensibilidade maior do que a PCR convencional. A PCR em tempo real foi capaz de detectar uma cópia de msp5 em 100ng de DNA plasmidial, e mais de 80% de resultados positivos entre bovinos experimentalmente infectados apenas sete dias após infecção. Além disso, baseado em análise in silico, a PCR em tempo real avaliada aqui pode ser útil para detecção de Anaplasma ovis.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Moura C., Tiba M.R., Silva M.J. & Leite D.S. 2013. Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods. Pesquisa Veterinária Brasileira 33(4):417-422. Universidade Paulista, Av. Armando Giassetti 577, Vila Hortolândia, Trevo Itu/Itatiba, Jundiaí, SP 13214-525, Brazil. E-mail: cmoura.bio@gmail.com Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen in vitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

• Escherichia coli H antigen antígeno H

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Moura C., Tiba M.R., Silva M.J. & Leite D.S. 2013. Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods. [Identificação de novas flagelinas codificadas por fliC em Escherichia coli isoladas de animais domésticos utilizando RFLP-PCR e sequenciamento.] Pesquisa Veterinária Brasileira 33(4):417-422. Universidade Paulista, Av. Armando Giassetti 577, Vila Hortolândia, Trevo Itu/Itatiba, Jundiaí, SP 13214-525, Brazil. E-mail: cmoura.bio@gmail.com A identificação da Escherichia coli requer conhecimento sobre os sorotipos e fatores de virulência prevalentes permitindo a classificação em patogênico/não patogênico. No entanto, algumas destas bactérias não expressam o antígeno flagelar in vitro. Neste caso, o PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) e o sequenciamento do gene fliC podem ser adequados para a identificação desses antígenos, substituindo a sorologia tradicional. Nesta pesquisa foram estudadas 17 amostras de E. coli isoladas de animais e que apresentavam antígeno H não tipável (HNT). Os antígenos H foram caracterizados por PCR-RFLP e sequenciamento do gene fliC. Três novos genes da flagelina foram identificados, para os quais anti-soros específicos foram obtidos. A técnica PCR-RFLP mostrou-se mais rápida que a sorotipagem do antígeno H em E. coli, fornecendo informações sobre algumas características desses antígenos e indicou a presença de novos genes fliC.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Furian T.Q., Borges K.A., Rocha S.L.S., Rodrigues E.E., Nascimento V.P., Salle C.T.P. & Moraes H.L.S. 2013. Detection of virulence-associated genes of Pasteurella multocida isolated from cases of fowl cholera by multiplex-PCR. Pesquisa Veterinária Brasileira 33(2):177-182. Centro de Diagnóstico e Pesquisa em Patologia Aviária, Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Av. Bento Gonçalves 8824, Porto Alegre, RS 91540-000, Brazil. E-mail: thales.furian@ufrgs.br The current systems of breeding poultry, based on high population density, increase the risk of spreading pathogens, especially those causing respiratory diseases and those that have more than one host. Fowl Cholera (FC) is one such pathogen, and even though it represents one of several avian diseases that should be considered in the differential diagnosis of notifiable diseases that present with sudden death, the pathogenesis and virulence factors involved in FC are still poorly understood. The objective of this study was to investigate twelve genes related to virulence in 25 samples of Pasteurella multocida isolated from FC cases in the southern region of Brazil through the development of multiplex PCR protocols. The protocols developed were capable of detecting all of the proposed genes. The ompH, oma87, sodC, hgbA, hgbB, exBD-tonB and nanB genes were present in 100% of the samples (25/25), the sodA and nanH genes were present in 96% (24/25), ptfA was present in 92% (23/25), and pfhA was present in 60% (15/25). Gene toxA was not identified in any of the samples studied (0/25). Five different genetic profiles were obtained, of which P1 (negative to toxA) was the most common. We concluded that the multiplex-PCR protocols could be useful tools for rapid and simultaneous detection of virulence genes. Despite the high frequency of the analyzed genes and the fact that all samples belonged to the same subspecies of P. multocida, five genetic profiles were observed, which should be confirmed in a study with a larger number of samples.

• Pasteurella multocida fowl cholera avian pasteurellosis pasteurelose aviária

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Furian T.Q., Borges K.A., Rocha S.L.S., Rodrigues E.E., Nascimento V.P., Salle C.T.P. & Moraes H.L.S. 2013. Detection of virulence-associated genes of Pasteurella multocida isolated from cases of fowl cholera by multiplex-PCR. [Pesquisa de genes associados à virulência em cepas de Pasteurella multocida isoladas em casos de cólera aviária através da técnica de multiplex-PCR.] Pesquisa Veterinária Brasileira 33(2):177-182. Centro de Diagnóstico e Pesquisa em Patologia Aviária, Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Av. Bento Gonçalves 8824, Porto Alegre, RS 91540-000, Brazil. E-mail: thales.furian@ufrgs.br Os atuais sistemas de criação na avicultura, baseados na alta densidade populacional, aumentam os riscos de disseminação de patógenos, especialmente das doenças respiratórias e daquelas cujos agentes etiológicos possuam mais de um hospedeiro. A Cólera Aviária (CA) apresenta estas características e apesar de representar uma das patologias aviárias que deve ser considerada para o diagnóstico diferencial de enfermidades com notificação obrigatória que cursam com morte súbita, a patogenia e os fatores de virulência envolvidos na CA ainda estão pouco elucidados. O objetivo deste trabalho foi pesquisar doze genes associados à virulência em 25 amostras de Pasteurella multocida isoladas de casos de CA na região sul do Brasil através do desenvolvimento de protocolos de multiplex-PCR. Os protocolos de multiplex-PCR desenvolvidos foram capazes de detectar todos os genes propostos. Os genes ompH, oma87, sodC, hgbA, hgbB, exBD-tonB, nanB estiveram presentes em 100% das amostras (25/25). Os genes sodA e nanH em 96% (24/25), o gene ptfA em 92% (23/25) e o gene pfhA em 60% (15/25). O gene toxA não foi identificado em nenhuma das amostras pesquisadas (0/25). Foram obtidos cinco diferentes perfis genéticos, sendo P1 (negativo para o gene toxA) o mais comum. Com este trabalho, concluiu-se que os protocolos de multiplex-PCR desenvolvidos tornam-se uma ferramenta bastante útil e rápida para a detecção simultânea dos genes de virulência. Apesar da alta frequência dos genes estudados e de todas as amostras pertencerem à mesma subespécie de P. multocida, foram observados cinco perfis genéticos, os quais devem ser confirmados em um estudo com um maior número de amostras.